La Direction Nationale de SOS Villages d'Enfants au Bénin dépend de la Direction Régionale située à Yaoundé au Cameroun. La Direction Nationale de SOS Villages d'Enfants est chargée de coordonner les activités des structures SOS au Bénin.

Elle est dirigée par un Directeur National qui est assisté par des conseillers dans divers domaines tels que la communication et le parrainage, la pédagogie, la comptabilité et les finances, les ressources humaines et l'administration, les programmes de développement communautaire. La Direction Nationale est située au Village d'Enfants SOS d'Abomey-Calavi.